Die Verordnung enthält Regelungen für den Umgang mit Handelsstreitigkeiten sowie Grundsätze für die Zuweisung eventuell anfallender Kosten oder Erstattungen. Die Mitgliedstaaten sind bei Streitfällen zuständig, die ihre eigenen Maßnahmen betreffen, die EU hingegen für Streitfälle im Zusammenhang mit Maßnahmen auf EU-Ebene. In allen Fällen wird eine enge Zusammenarbeit und Transparenz innerhalb der EU und zwischen den EU-Organen angestrebt. Seit dem Vertrag von Lissabon fallen Investitionen unter die gemeinsame Handelspolitik der Europäischen Union und somit in die ausschließliche Zuständigkeit der EU. Daher verhandelt die Europäische Kommission im Namen der Europäischen Union nun auch über die Investitionsaspekte von Handelsabkommen.