Um die Ticket-Preise stabil zu halten, werden etwa 85% der Zertifikate kostenlos zugeteilt, weitere müssen die Airlines nach Bedarf am Markt ersteigern. Bis 2020 wird die Anzahl der kostenfreien Zertifikate laut Regierung auf 82% des Gesamtbedarfs abgesenkt, um die Unternehmen selbst stärker in die Verantwortung zu nehmen.

Die Regelung betrifft alle Fluglinien, die Deutschland anfliegen, darunter fallen auch Gesellschaften aus Drittstaaten. Der EuGH bestätigte dies bereits mit einem entsprechenden Urteil (Az.: C-366/10). Gegen die Einbeziehung außereuropäischer Fluggesellschaften in den EU-Handel mit Emissionszertifikaten hatten u. a. die US-Linien American Airlines und United Continental geklagt.